細菌やウイルスなどの病原体や異物から体を守る仕組みを免疫といい、本来からだにとって無害である食べ物に免疫が過剰に働くために、有害な症状を起こすことを食物アレルギーといいます。つまり原因となる特定の食べ物によって特定の人に免疫が過剰に働いて症状が発現する病気です。
食物アレルギーは、体内に吸収された食物（アレルゲン）に対して免疫グロブリン(IgE)抗体が作られることからはじまります。食物アレルゲンは主に腸管から吸収されますが、皮膚や目、鼻の粘膜からも体内に入り、IgE抗体がつくられて食物アレルギーが発症することがわかってきました。
最近食物アレルギーを発症する大きな要因の一つとして、乳児期の湿疹であることがわかってきました。バリア機能が弱くなった皮膚から食物アレルゲンが体内に侵入してIgE抗体がつくられ食物アレルギー症状を発現します。このことから生後早期から保湿剤によるスキンケアをおこなってアトピー性皮膚炎皮膚炎を予防し、さらには卵アレルギーなど食物アレルギーの発症を減少させることが報告されています。
また鼻の粘膜から花粉が入り、その花粉に対して作られたIgE抗体をもった人が、関連した果物や野菜を摂取して口腔粘膜にかゆみや腫脹がみられる、「口腔アレルギー症候群」なども最近増加しています。口腔アレルギー症候群の診断は血液検査に加えて、果物を使ってプリックテストをおこなって診断しています。